睡醒时眼睛疼痛，发生的原因包括以下几种：
1、青光眼：是因为先天或后天原因，导致眼内房水无法流通，从而引发眼压升高，患者可以表现为眼球胀痛、视力下降、眼球充血等。
2、葡萄膜炎：指葡萄膜本身的炎症，其发病原因包括感染因素、自身免疫因素等，患者可以表现为眼球疼痛、眼球充血等。
3、角膜炎：如细菌性角膜炎、病毒性角膜炎以及真菌性角膜炎等，均可以导致眼球畏光、眼部疼痛。
4、结膜炎：严重的结膜炎也可以导致眼睛疼痛，同时伴分泌物增加。
以上这些原因均可以导致睡醒时眼睛疼痛，需要去医院进行鉴别诊断。
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