造成胚胎未发育的原因很多，如孕妇内分泌异常、胚胎染色体异常、感染、子宫畸形、环境因素等。胚胎染色体异常会导致流产、死产、胎儿畸形，孕妇内分泌异常，如黄体功能不全会造成子宫内膜发育迟缓，影响受精卵种植。甲状腺功能亢进或减退、糖尿病等也会影响胚胎发育，子宫纵膈、创伤、感染以及宫颈机能不全也会造成流产和胚胎不发育。孕妇年龄>35岁会导致卵子老化，外界环境中有毒化学物质、放射线、高温等都会造成胚胎不发育。
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