咽峡炎其主要的特征为明显的局限性的炎性反应以及溃疡的形成，感染可累及软腭、咽壁、颊部的黏膜、舌体以及牙龈，多是从一侧扁桃体开始发病。症状随病情的轻重程度而不同，一般有6-7天的潜伏期，其主要的症状为咽部疼痛。咽痛多为单侧，可伴有头痛、背部以及关节的疼痛、全身乏力、消化不良等，可出现低烧，但是体温一般不会超过38.5℃，全身症状较急性扁桃体炎差。如果继发于血液病者或者是免疫力低下者，全身症状有可能较重。
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