胃蛋白酶原的降低，主要是由于慢性浅表性性胃炎、慢性萎缩性胃炎、糜烂性胃炎以及胃癌等疾病造成。因为胃蛋白酶原1和为蛋白酶原2，主要是胃黏膜上的胃底腺的主细胞和黏液颈细胞分泌。另外贲门腺、幽门腺以及十二指肠的黏液颈细胞，可以分泌胃蛋白酶原2。在胃黏膜出现炎症的时候，可导致两种胃蛋白酶原均轻度下降。如果出现萎缩性胃炎的时候，或者有胃黏膜细胞出现不典型增生的时候，胃蛋白酶原1明显下降，胃蛋白酶原2可轻度升高。可能与胃酸分泌减少，胃蛋白酶消耗减少有关。当出现胃癌的时候，由于胃黏膜受到肿瘤细胞的侵袭出现萎缩、不典型增生等，会导致二者分泌均减少。
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