如果患者确诊为肺炎支原体近期感染时，可使用大环内酯类抗生素，或喹诺酮类抗生素。大环内酯类的抗生素包括阿奇霉素、红霉素等，喹诺酮类的抗生素包括了左氧氟沙星、莫西沙星等。病情轻者可采取口服给药的方法，如果患者口服无效或病情较重时可采取静脉抗生素的方法。但需要注意区分肺炎支原体是既往感染还是近期出现的感染，既往感染时无需特殊的处理。近期感染，采取药物治疗的方法，同时支原体感染，会出现比较严重的咳嗽，可适量采取口服止咳药物的方法，例如复方甘草片、肺力咳合剂、右美沙芬等。
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