新生儿氧分压低最常见的原因主要是由肺部疾病或心血管系统疾病，肺部疾病主要是有新生儿宫内感染的肺炎、早产儿的呼吸窘迫综合征、新生儿气胸、新生儿湿肺、新生儿吸入综合征等。有些是因为新生儿出生之后，各种原因导致新生儿持续性的肺动脉高压引起氧分压低。
心血管疾病主要常见是青紫型先天性心脏病，如肺动脉瓣闭锁、肺动脉闭锁或者肺动脉狭窄、右向左分流的先天性心脏病，都可能会导致新生儿发生氧分压低。新生儿一旦有氧分压低，要及时进行监护和治疗，积极寻找引起新生儿氧分压低的原因，针对原发病治疗，有部分是因为血容量不足，如新生儿休克，也可以导致氧分压降低。
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