氟康唑片可能会对肝脏造成损害，对于肾脏的影响一般不大，但是患有肝肾功能不全的病人在服用时应调整剂量，否则可能会加重病情。少量氟康唑片在肝脏代谢过程中，可能发生轻度、一过性的血清碱性磷酸酶升高、胆红素升高，以及谷草转氨酶和谷丙转氨酶升高，这些指标代表的都是肝功能的影响。
病人偶尔也会出现肝毒性反应，比如厌油腻、皮肤和巩膜发黄、右上腹部疼痛等症状，还可能出现罕见的致死性肝毒性病例。因此病人在使用氟康唑片的时候，开始前与治疗中，均应定期检查肝功能。如果肝功能出现持续异常，或者是肝毒性的临床表现，均应立刻停用本品，并且及时就医。
氟康唑片主要是以原形的形式，经过肾脏，从尿液排出体外。如果病人患有肾功能不全，在服药前建议检查肾功能，医生会根据肾功能的指标计算肌酐清除率，进而调整用药剂量。如果病人没有按照规定服药，会导致肾功能损害加重，从而出现少尿、血尿等症状。一旦病人出现指标的异常，应立刻停药、就医，来观察是否是由药物引起，进而确定下一步的治疗方向。
