铜绿假单胞菌的危害主要是其造成的感染，铜绿假单胞菌可以引起多种感染，包括皮肤、眼睛、外耳道、鼻部、口腔、尿路、肺部、骨关节等各种感染。而对铜绿假单胞菌有效的抗菌药物种类比较少，而且大多数只能静脉给药，口服对铜绿假单胞菌有效的药物品种更少，因此治疗起来难度很高。
另外铜绿假单胞菌可以产生物膜，许多抗感染药物难以穿透生物膜，故治疗效果比较差。另外，铜绿假单胞菌常引起各种慢性感染，如引起的尿路感染或者是支气管扩张等，细菌会长期存在于感染部位，虽然采用有效抗菌药物治疗可以暂时控制细菌生长，但不能真正清除细菌，故常容易引起病情反复，有的患者甚至会终身携带细菌。故铜绿假单胞菌的危害主要是引起的感染类型多，治疗困难，很多还会造成慢性感染甚至是终身感染。
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