检查肛门的方法有很多种，比较常用的有肛门视诊，需要患者左侧卧位或行胸膝位，检查者用手指分开臀沟，观察肛门处有无红肿、出血、流脓，有无瘘口、黏液、肿块脱出等等。
同时还要进行触诊，检查肛周的皮肤温度是否正常，弹性是否良好。还有比较重要的是直肠指诊，需要通过手指探查肛门，检查直肠内有无肿物、压痛等情况，也可以借助工具进行辅助检查，主要有肛门镜，利用肛门镜可以进行简单的治疗，还可以进行病变组织的活检。
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