治疗肺结核的药主要是异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇、链霉素等，抗结核治疗最少需要6-9个月的时间。在治疗中应该遵循合理、早期、规律、适量、联合的用药原则，在每次用药时都应该在医生的指导下，在家庭督导员的监督下用药，因故未用药时应该有补救措施，以保证规律用药，避免耐药的发生。
吃药的最后目标是不仅要杀菌，还要减少耐药发生，而且还要达到灭菌最后防止和杜绝复发的目标。抗结核药物大多数都有一定的副反应，常见副反应是对肝脏的损伤，另外还有胃肠道的刺激症状、白细胞下降、过敏的反应以及末梢神经炎的症状等。
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