大多数小孩的衣原体感染会在发病后的可能2-4周慢慢痊愈，儿童发生衣原体感染以后会造成衣原体沙眼，从而造成眼睛发红、眼屎比较多。另外，衣原体感染以后还会造成儿童出现咳嗽等肺炎的症状。
针对于儿童的衣原体感染，可以给儿童应用大环内酯类的抗生素来治疗，比如可以给儿童应用红霉素、罗红霉素或者阿奇霉素等，因为衣原体感染以后应用头孢菌素和阿莫西林等抗生素没有效果，应用抗病毒的药物治疗衣原体也不能取得良好的疗效。在给儿童应用大环内酯类抗生素治疗1-2周左右，衣原体感染的症状绝大多数都能够痊愈，这个时候咳嗽儿童呼吸次数加快的症状大多能够慢慢消失。
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