临床上一般来说，急性扁桃体炎主要有病毒，或者细菌感染所引起。目前来看，乙型溶血性链球菌是主要的致病细菌，少数病例中可以存在葡萄球菌、肺炎链球菌等等，另外有腺病毒、鼻病毒、单纯性疱疹病毒也可引起急性扁桃体炎。细菌和病毒的混合感染，也有很多的例子，近年来，还有的患者出现了一些厌氧菌感染所出现的急性化脓扁桃体，目前不是很多见。一般来说，这些病毒和细菌可以通过飞沫、唾液，或者直接接触而传染给其他人，具有散发性，很少出现大批人感染。当然有的情况下，有一些病毒、细菌在患者的扁桃体隐窝里面，当患者抵抗力正常情况下一般没什么事。如果患者因为受凉了、感冒了、吃辣等等诱发因素导致抵抗力下降，扁桃体窝里的病毒细菌就会繁殖起来，导致患者出现扁桃体发炎。
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