口腔厌氧菌的治疗首选药物为甲硝唑或者奥硝唑等硝基咪唑类的药物，为常用的治疗厌氧菌感染的药物，能够对厌氧菌起到有效的杀菌作用。很多牙周炎的致病菌都是厌氧菌，因此甲硝唑或者奥硝唑经常用于牙周炎的药物治疗。有些根尖周炎或者冠周炎也有厌氧菌存在，也可以应用这类药物。但有的炎症的致病菌除厌氧菌外，还有微需氧菌和兼性厌氧菌，就需要在应用甲硝唑和奥硝唑的同时，再配合阿莫西林或者头孢类的药物进行治疗。
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