水下睁眼可以对眼睛造成不利影响。由于水下睁眼时，水直接接触眼睛表面，水中各种刺激物可刺激眼睛表面。如游泳池有含氯的漂白粉，或大海中含高盐分和浮游微生物，可以直接进入眼睛，都可能产生一定的伤害。甚至破坏眼睛表面的保护层，侵犯到眼睛表面，如角膜、结膜上皮损伤而造成结膜炎、角膜炎、上皮剥脱，严重时甚至造成角膜溃疡，所以在水下不建议睁眼。
如果要进行游泳等水下运动时，需要配戴游泳眼镜，保护眼睛。另外部分人群在水下睁眼时，眼睛不会产生疼痛感。但水下睁眼疼痛与否并非重点，主要是刺激眼睛表面产生的伤害。人的眼睛要在空气环境下才能发挥正常功能，氧气可以直接通过眼泪被眼睛吸收，但在水环境下无法达到此目的。
