肺炎支原体可以引起呼吸道感染，造成呼吸道和肺部的急性炎症性改变，同时有咽炎、支气管炎和肺炎。本病潜伏期2-3周，通常起病比较缓慢，常以上呼吸道感染起病，约1/3病例没有症状，有些病例进而发生气管支气管炎和肺炎。发病初期有乏力、头痛、咽痛、畏寒、发热、肌肉酸痛、食欲减退、恶心、呕吐等，热度高低不一，可高达39℃，2-3天后出现明显的呼吸道症状，如阵发性刺激性咳嗽、干咳或少量黏痰，或黏液脓性痰，有时痰中带血，咳嗽剧烈者长束胸骨后，即两肋部疼痛，多持续数周，方见缓解。
发热可持续2-3周，体温恢复正常后可能仍有咳嗽、食欲不振、恶心、呕吐、腹泻等，并不少见，但程度较轻。少数病人可以有关节痛和关节炎或者皮肤损害，儿童常有耳痛及大疱性鼓膜炎，成人则以鼻旁窦炎为常见并发症。病情一般轻微，有时也可以相当严重，可有肺脓肿、气胸、COPD急性加重、支气管扩张、闭塞性细支气管炎甚至并发ARDS、BIC。极少数病例可伴发中枢神经症状，例如脑膜炎、脑膜脑炎、多发性神经根炎甚至发生精神失常等。
