治疗植物神经功能紊乱，首先要通过生活习惯、饮食习惯的调整，以及睡眠习惯调整，改善植物神经稳定性，还要给予相应药物进行调整。药物主要是有安眠的药物，调整5-羟色胺再摄取抑制剂和去甲肾上腺素再摄取抑制剂，来改善植物神经功能紊乱，引起神经递质失去平衡，而改善植物神经症状。
同时，还要进行心理的疏导、自我的暗示、催眠疗法或者行为的治疗，结合生活习惯调整、药物的治疗、自我的心理治疗等。通过这些综合的方法，来改善因为植物神经功能紊乱而造成的症状。一般需要通过半年以上的治疗，症状改善后再逐步减药、停药，这种时间要一般需要一年到一年半时间来彻底治愈。
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