急性肠胃炎的治疗主要依赖于急性肠胃炎的病因，因为绝大多数的急性肠胃炎与感染有关，它包括细菌感染和病毒感染。如果是细菌感染，往往需要用抗生素，比如喹诺酮类的抗生素，或者头孢类的抗生素，才能有效的控制症状。
病毒引起的急性肠胃炎，更多的是进行休息，让胃肠道休息，并且注意饮食，往往大多数都有自愈的倾向。急性肠胃炎还有可能跟食物不耐受有关，如果特殊的人群进食了特殊的食物导致的腹痛、腹泻，这时候应该注意饮食的调节，特别是应该查出对哪些食物不耐受或者过敏，剔除这类食物，急性肠胃炎才能好转。
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