不同部位的囊肿其原因是各不相同的，如果是宫颈囊肿即纳氏腺囊肿，常常是由于慢性炎症导致的腺管口阻塞，腺体潴留于局部，形成囊肿。这种囊肿通常没有自觉症状，对机体也不会造成危害，所以无需特别处理，只是定期复查即可。
而通常指的囊肿是卵巢囊肿，卵巢囊肿形成的原因常常不清楚，可能与很多因素有关。生理性囊肿常常在月经的后半期出现，比较小，小于5cm，一般可以在月经后消失，另外某些炎症也可以导致囊肿。真性卵巢肿物及发生的原因不清，有些与遗传因素有关，有些原因不清，一旦发现卵巢真性囊肿应该手术治疗。
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