大部分情况下通过CT检查，可以发现患者体内各种器官的肿块，但不能发现所有的肿瘤。如血液系统肿瘤存在血液内，主要依赖于血液学检查，以及骨髓的穿刺细胞学或者骨髓的活检检查，才能明确诊断。另外还有部分黏膜表面的肿瘤，如胃肠道的黏膜溃疡等，通过CT检查可能也不一定能发现。同时体内部分解剖部位在CT检查中显示较模糊，即分辨率较低，对于较多偏小的或者早期的肿瘤，可能也难以发现。
通常CT检查比较适合肺脏器官，比如较多小的肺部结节，可以通过高分辨率的CT检查发现。但是对于其他的组织，如脑组织，如果进行CT检查可能分辨率不够，可能不能发现。尤其在进行平扫CT检查时，可能不能发现小的或者不明显的脑部肿瘤，需要结合其他的影像进行判断。所以不同的部位可以选择不同的影像，如在头颈部常用磁共振检查，而在全身检查时，为发现其他部的是否出现转移，可能建议患者做全身的PET-CT的扫描等影像检查。
