黄体酮不足的原因主要是卵巢功能不良。部分人本身月经周期短，但并非前半期短而是后半期短，属于卵巢功能不足或者卵巢可能出现早衰，造成黄体期不够，可能很难怀孕。建议月经中期后补充黄体酮，或者绒毛膜促性腺激素这类物质，可能会对黄体继续发育有一定帮助。部分人可能早孕期间特别容易流产，也是黄体不足、黄体功能不全，或者与胚胎本身质量有关。
胚胎来源于男性和女性的精子和卵子，有可能是精子质量不足、活力不够，受孕以后会造成黄体功能不足，所以黄体功能主要看时期，更年期的时候黄体不足很正常，卵巢已经逐渐开始衰退。年轻女性不孕时，可能是卵巢早衰或者男性精子质量不足。
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