婴儿持续发烧39℃的危害通常有以下几个方面：
1、持续发烧说明引起发烧的感染因素没有得到有效的去除，原发病本身对机体造成的伤害、危害是最大。
2、持续发烧消耗很大会感到疲劳，食欲也会下降。
3、持续发烧39℃以上抵抗力会下降，消化酶分泌会减少容易继发新的病毒或者细菌感染。
4、部分婴儿敏感性高的可能还还会引起高热惊厥的发生。
5、持续发烧会影响到日常生活，使婴儿容易烦躁不安影响睡眠，导致睡眠不安容易哭闹和惊醒，时间久了可能还会出现消化道症状，比如恶心、呕吐、腹泻等等。
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