角膜炎的治疗原则是积极控制感染，减轻炎症反应，促进溃疡愈合，减少瘢痕形成。细菌性角膜炎，选用敏感的抗生素进行治疗，首先应根据经验和疾病严重程度，使用对病原体有效的广谱抗生素滴眼液来进行治疗，如左氧氟沙星眼药水，待实验室检查结果证实病原菌后，再调整给予敏感抗生素进一步治疗。抗真菌药物仍然是治疗真菌性角膜炎重要的手段，但目前缺乏高效、低毒广谱抗真菌的理想药物。单纯疱疹病毒性角膜炎，可选用高选择性抗疱疹病毒药物治疗，联合应用干扰素可提高疗效，防止复发也是治疗的重点。
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