甲亢的治疗分两个阶段，第一阶段冲击治疗，第二阶段维持治疗。
冲击治疗阶段大约是三个月，从开始服药开始计算三个月时间，这时患者高代谢症候群基本可以控制，甲状腺激素水平检查基本正常，可能促甲状腺激素受体抗体仍然在较高的水平，此时开始逐渐减量，大约每个月或者每两个月减药一次，逐渐减药至维持剂量，也就是用最小剂量抗甲状腺药物，就能维持住甲状腺激素水平在正常状态。
一般从甲亢治疗到全疗程结束，大约需要1.5-2年的时间，患者是否停药以及减药速度快慢，要根据甲状腺激素水平以及促甲状腺激素受体抗体水平进行决定。
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