细菌是原核生物，除了细菌外，像支原体、衣原体、立克次体、螺旋体和放线菌，它们都属于原核生物。与真核生物的最大不同在于细胞核，细胞核没有核膜的包裹，细胞核之内的DNA物质，也没有与蛋白质相结合形成染色质。细菌与其它病原微生物的区别，还在于细胞质内除核糖体之外，没有其他的任何细胞器。
细菌的结构还包括细胞质、细胞膜、细胞壁，这都是所有细菌所共有的，有一些细菌还有一些特殊的结构，比如芽孢、鞭毛、菌毛以及荚膜，有一些物质是与细菌致病性有关的。
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