奥美拉唑是强效的抑酸药，能够抑制胃酸的分泌。长期吃奥美拉唑的副作用主要是跟胃酸分泌被抑制相关，比如胃本来是酸性的环境，但是长期使用变成中性或者弱碱性的环境，胃黏膜会有自身的调节，会促进胃泌素的释放。胃泌素释放增多会引起胃粘膜细胞的增生，也可能会导致萎缩性的胃炎。
长期口服奥美拉唑抑制胃酸的分泌，也会抑制内因子的分泌，而内因子的分泌又跟维生素B12的吸收密切相关，所以可能会造成体内维生素B12的缺乏。还有长期观察发现，长期服用抑酸药可能增加老年男性骨折的风险，还有一个问题是长期服用抑酸药，会导致肺部感染的风险大大提高。因此如果能够在较短时间内治疗酸相关的疾病，不易长期服用奥美拉唑等强抑酸药。必须要服用，应该考虑减量，并关注相应的副作用。
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