肠镜检查后出现少量便血或创面渗血属于正常现象，多数可以自愈。肠镜检查后出现血液鲜红色、量多、流速较快时需进一步处理，包括肠镜下止血甚至需外科处理。
此外，也会出现腹胀，甚至腹痛，多因未及时排气导致，气体排出之后会缓解。如果肠镜后持续腹痛，逐渐加剧，需考虑存在肠道穿孔风险，部分甚至需行外科处理。
部分患者息肉经肠镜下治疗后出现局部腹痛、白细胞升高等现象，但无穿孔症状，可经过短暂休息缓解。肠镜结束后建议于医院留观数小时，如果未出现不适症状，即可离院。肠镜下切除息肉需于医院观察24-48小时。
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