黄体酮是激素，长期口服存在危害，可能会引起月经不调、内分泌失调，所以不能常用。若已经出现内分泌失调，如闭经，可以注射3天或口服1周黄体酮以发生月经来潮，属于治疗方式，可打破恶性循环，但不可长期使用。若发生月经不调，在医生的建议下于月经的后半程服用黄体酮，可维持黄体功能。若自身存在内分泌问题，黄体功能不足时，也可服用黄体酮。此激素需在医生指导下服用或注射，不可自行使用、随时停止。
激素类药物要根据患者内分泌的情况，在缺乏孕激素时补充黄体酮，否则使用效果不佳。绝经以后需要进行激素替代治疗的女性，可能要使用少量黄体酮，使用更加严格，因为长期服用黄体酮后可能会引起乳腺问题。
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