内眼角起了水疱常见于结膜淋巴管阻塞或者泡性结膜炎，具体原因如下：
1、结膜淋巴管阻塞：结膜组织中含有丰富的淋巴管，一旦淋巴管发生阻塞时，可能会引起淋巴液淤积在结膜组织中，从而形成小水疱，可以局部予以糖皮质激素滴眼液或者非甾体药物进行治疗。如果疱状物没有明显变小，可能需要手术治疗。
2、泡性结膜炎：泡性结膜炎是由微生物蛋白所引起的迟发性免疫反应性疾病，对于泡性结膜炎，首先要治疗诱发此病的潜在性疾病，同时可以局部予以糖皮质激素滴眼液进行治疗。
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