新型冠状病毒肺炎损伤的脏器主要是肺脏，肺脏病理可以呈不同程度的实变，实变区主要呈现弥漫性肺泡损伤和渗出性肺泡炎，在肺泡腔内可见浆液、纤维蛋白性渗出物、透明膜形成，小支气管和细支气管亦见黏液栓形成。
对于病程较长的病例，可见肺泡腔渗出物机化和肺间质纤维化，随着病程的延长以及病情的加重，还可以出现心血管、肝、脾、肾及脑组织病变。全身主要部位的小血管可见内皮细胞脱落、内膜或全程炎症，可见血管内混合血栓形成、栓塞，还有相应部位的梗死，主要脏器的微血管可见透明血栓形成。
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