严重的维生素B6缺乏，非常的罕见，因为几乎所有的食物当中都含有维生素B6，但是有些人由于严重的腹部疾病、肠道的突出疾病、克隆氏病，有可能会造成吸收维生素B6不足，或者是有些人长期的使用某些药物治疗，比如抗结核的药，如异烟肼，或者是服用口服避孕药，甚至使用左旋多巴来进行治疗，这样有可能使得维生素B6失去活性或者排泄增多，造成维生素B6的缺乏。
有些人长期的大量饮酒，有可能影响维生素B6的代谢，造成B6的缺乏。有些先天性的遗传病，先天就造成维生素B6的代谢异常，引起维生素B6的缺乏。通过诊断以后，使用维生素B6的补充，同时建议合理的饮食、营养，因为几乎所有的食物当中，喜欢吃的各种，像肉类、肝脏、蔬菜和粮食当中，都含有丰富的维生素B6。
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