目前世界卫生组织对于HPV疫苗的接种，推荐给定的方案是接种三次，多次接种能够提高抗体的滴度，也就是提高抗体量，从而提高HPV疫苗接种防治宫颈癌的成功率。世界卫生组织同时推荐9-14岁的女性，可以只接种两次。HPV疫苗接种的人群青春期是首选人群，因为引起的抗体最多，所以产生的效果会最好。
HPV疫苗目前主要采取肌肉注射的办法，首选接种的部位是上臂的三角肌。三针疫苗注射的时间，一般第二次注射在第一次注射的1-2个月之后，第三次注射是在第一次注射后的至少半年，或者第二次注射后的四个月以上。是否接种第三针由医生来决定，一般9-14岁只接种两次，但是9-14岁时接种两次，第二次注射必须在第一针之后的6-12个月。接种程序受到打断，不需要重新开始第一针。
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