胃镜是目前检查上消化道疾病的最佳检查，因此非常重要，但也存在着一定的缺点，普通胃镜检查过程中患者可能会存在恶心、呕吐、呛咳、呼吸困难、胸闷、憋气、腹胀等，检查后可能会存在咽部黏膜损伤、咽部不适、腹痛、腹胀的感觉，如果取活检可能会出现便血。并发症发生的比率都比较低，一般人都可以接受。如果是无痛胃镜检查则普通胃镜检查过程中所面临的不适感都没有，检查结束后患者可能会感觉头晕、乏力等，如果2天内要做太精细的工作或者开车等都有可能会受到一定的影响。虽然胃镜检查有不适感，但大部分人都能够耐受。
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