娃娃半夜发烧和平时发烧的原因相同，通常可以有不同的病因，可以分为感染性因素和非感染性因素，其中感染性因素包括娃娃是否感染了某种病原体，这些病原体包括病毒、细菌、支原体、衣原体或者是其他少见的病原体。
娃娃发烧还有非感染性因素，比如风湿、类风湿一些自身免疫性的疾病，还有肿瘤、血液系统的恶性疾病，也可以引起发热，但是这些肿瘤恶性疾病都比较罕见。一般娃娃发烧大多数都是由感染造成，可以根据娃娃发烧的时间长短、发烧时的热型，伴有发烧时临床症状和体征，以及相关的实验室检查，具体分析娃娃是不是感染。如果是感染，感染的部位在哪里，感染的病原体是什么，然后明确诊断，进行针对性的对因治疗以及退热、对症治疗。
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