胃蛋白酶低与慢性胃炎、幽门螺杆菌感染、胃癌等因素有关。在胃黏膜层上分布着主细胞，主细胞可以分泌出胃酸和胃蛋白酶，以帮助食物进行消化分解。但是当患有慢性胃炎疾病时由于胃黏膜存在有炎症，导致胃壁的主细胞受到损伤从而影响到主细胞的分泌功能。患者会因为胃蛋白酶分泌相对比较少，而出现胃蛋白酶低的现象。幽门螺杆菌是一种有害细菌不仅会影响到胃内环境，在寄生时还会释放出有毒物质对胃壁黏膜造成损坏。因此不少幽门螺杆菌感染的患者，会伴随有胃蛋白酶低的现象。胃癌属于恶性肿瘤不仅会对胃的蠕动功能造成影响，同时也会导致胃黏膜主细胞受损，所以不少胃癌的患者会伴随胃蛋白酶低的现象。
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