碘甘油和碘伏区别主要表现在用途上，碘甘油是碘和甘油按照一定比例混合而成的消毒试剂，而碘伏是一种碘剂与水按照一定比例配制而成的消毒液。碘甘油主要用于疾病的治疗，常见的用此方式治疗的疾病有口腔黏膜溃疡、牙龈炎等，对于慢性萎缩性鼻炎也有很好的治疗效果，碘甘油对于脚干裂和脚癣也有很好的治疗效果。碘伏的浓度较低，刺激性不大，一般用于皮肤表面的消毒治疗，患者可以在受伤部位直接擦拭，浓度通常在1%左右，而浓度更低的碘伏常用于外科手术器械的消毒。
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