吃胸腺肽有副作用，不过常规使用比较安全，患者一般耐受性良好。个别患者会出现恶心、发热、头晕、胸闷、无力等不良反应，极少数患者偶有嗜睡感。慢性乙型肝炎患者使用时有可能会引起谷丙转氨酶水平短暂的上升，如果没有肝衰竭预兆出现，仍可以继续使用。
另外，极个别病人有轻微的过敏反应，如皮疹、瘙痒等，停药后可消失，对此药过敏者禁用。此药属于处方药，必须在医生指导下合理使用。此药属于免疫调节药，具有调节和增强人体细胞免疫功能的作用，正在接受免疫抑制治疗的患者应慎重使用。如果正在服用其它药物，为防止可能发生药物相互作用，请事先告知医生。
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