革兰氏阴性短杆菌是指的一种革兰阴性的细菌，革兰染色可以将细菌分成阴性和阳性，阴性的细菌是其中的一部分，短杆菌是对细菌形状的一种描述，很多细菌可以形容为短杆菌比如百日咳鲍特菌，但它的具体描述是革兰阴性短杆菌或者椭圆形的细菌，所以也并不完全的都是短杆菌的形态，也有可能呈其他的形状。
对于布鲁菌也可以是革兰阴性短杆菌，它可以是革兰阴性的小球杆菌或者短小杆菌。鼠疫耶尔森菌同样也可以是革兰阴性短杆菌，但它的具体描述是革兰阴性卵圆形短小杆菌。所以革兰阴性短杆菌描述的是细菌的染色特性和外观特性，还需要进一步鉴别具体是哪一种细菌。
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