脑脓肿晚期一般需要采取开颅脓肿切除术，才有可能达到治愈的目的。脑脓肿晚期的脓腔会形成较厚的壁，此时静脉应用抗生素，很难穿透脓腔壁，使脓肿消失。必须要采取开颅，将脓肿壁和脓液等全部清除掉，再配合静脉应用抗生素四周左右，才能够达到治愈的目的。
手术当中要完整切除脓肿壁，尽量避免在切除的过程中脓肿腔破裂，脓液外渗，从而可能会引发新的脓肿形成。此外，手术当中需要应用大量含有抗生素的生理盐水，反复冲洗术区，才能够尽量避免脓肿的扩散。
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