脑梗用核磁检查比较好，因为48小时以内的脑梗，在CT上有一部分不显影。在核磁弥散加权成像上脑梗2个小时后就可以显影，能评估病变位置以及病变大小，可以根据患者的情况给予相应的溶栓、抗血小板聚集、抗凝以及活血化瘀等治疗。同时核磁检查没有辐射，CT是利用X线成像的原理，对人体有一定的辐射。
脑梗急性期的患者做CT好，脑梗后遗症期的复查，核磁检查也较CT更明确。因为CT检查时，特别是后颅窝病变会有颅骨伪影，并不是能充分的显示清楚，核磁对延髓、脑桥、小脑病变都能显现清楚。
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