停经40多天可以做药物流产，药物流产适用于停经49天之内的宫内妊娠。如果确定怀孕，在做药物流产之前，先要做B超明确孕囊的大小和位置，排除宫外孕。如果是怀疑宫外孕的患者，不可以做药物性流产。另外在做药物性流产之前，还要查肝肾功能，因为这一类药物可能会对肝肾功能造成一定程度的影响。此外年龄大于40岁以上的女性，不适合做药物流产。药物流产的药物属于处方类药，一定要去正规的医院开具药物，同时在药流的过程中间，要密切的关注腹痛还有流血的情况。最好在医院吃最后一次药，因为如果流产不全，需要考虑做急诊清宫。
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