灰指甲在皮肤科称为甲真菌病，但并非指甲变灰一定是由于罹患甲真菌病所引起。若患者担心存在灰指甲，需要到医院就诊，并通过指甲真菌镜检明确诊断，此时医生可在显微镜下观察此位置是否存在真菌感染，从而确诊甲真菌病。
若诊断为甲真菌病，建议对灰指甲的甲板进行真菌培养，以明确导致灰指甲的真菌类型。若能够培养出真菌，则可以利用药敏试验筛选有效的抗真菌药。如患者的手脚多个指甲存在真菌感染，则在患者身体条件允许的情况下建议口服伊曲康唑、特比萘芬等抗真菌药物进行治疗，但服药时间需根据患者指甲的受累程度以及年龄决定。
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