宝宝巨细胞病毒感染的治疗主要是抗病毒治疗和针对可能出现的后遗症进行预防和治疗，对于免疫功能正常的无症状者或者轻度症状的患儿，无需给予抗病毒治疗，需要给予抗病毒治疗的指征是孩子符合临床确诊的标准，包括有间质性肺炎、黄疸淤胆型肝炎、脑炎，以及有一部分移植后的预防性用药、孩子有中枢神经系统损伤，这种情况下需要及时给予抗病毒药物，抗病毒药物常用的有更昔洛韦或者阿昔洛韦。
另外，还有一部分孩子需要根据对症治疗，如果是肝炎的孩子需要保肝退黄，如果是肺炎的孩子，需要雾化给予氧疗。如果是中枢神经系统感染的孩子，需要给予降颅压、营养神经治疗。
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