生殖器根部隐隐作痛考虑是由于以下几种原因所导致的：第一、应当考虑为慢性前列腺炎引起的，在解剖上前列腺与阴茎根部吡邻，当患者患有前列腺炎时，前列腺充血、肿胀，刺激阴茎根部出现疼痛症状。第二、应当考虑为尿道炎等炎症感染引起的，当患者出现尿路感染时会致使尿道出现疼痛症状，如果疼痛的部位发生在生殖器根部，则会使患者感觉生殖器根部隐隐作痛。第三、应当考虑为尿道结石引起的，尿道结石如果比较大，卡在尿道中无法排出，会使患者出现隐隐作痛的疼痛感。上述是患者生殖器根部隐隐作痛的原因分析，建议患者应当到正规医院进行相关检查，明确诊断后对症进行治疗。
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