白芍总苷胶囊属于化学药，上市后的不良反应报告显示，此药在医生的指导下合理使用还比较安全。患者普遍耐受性良好，不良反应较少，偶见患者出现大便性状改变，如大便变软、变稀、大便次数增多以及轻度的腹痛、纳差等胃肠道反应。一般不需要处理可自行缓解，如果情况严重请去医院就医。
还有极少数患者会出现皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用。此药属于处方药，必须在医生的指导下使用，长期或者过量服用会增加不良反应发生率，而且还会给肝肾带来负担。因此，不可擅自更改服药的剂量和疗程，如正在使用其他药品，请就诊时告知医生用药史。
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