尖锐湿疣的致病微生物是乳头瘤病毒，所以在治疗期间应该以抗病毒治疗为主，可以用抗病毒的药物，像盐酸伐昔洛韦颗粒、溶菌酶肠溶片、泛昔洛韦胶囊、阿昔洛韦片等。
此外，还可以用提高免疫力的药物，像转移因子胶囊、牛脾肽口服液。如果女性合并有阴道炎和宫颈糜烂，还需要抗炎药物和治疗厌氧菌感染的药物，可以口服头孢或者甲硝唑。所以尖锐湿疣治疗期间应该以抗病毒治疗为主，还可以用提高免疫力的药物和抗炎的药物。
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