慢性肠炎的治疗应该针对是特殊类型的肠炎还是非特异性的肠炎，肠炎可能由细菌，病毒引起，这种慢性肠炎的症状比较轻，而特异性肠炎，比如溃疡性结肠炎，这种情况治疗起来比较困难。如果是病毒性肠炎，一般不需要特殊治疗，可以自愈。如果是细菌性的肠炎，可以根据药敏结果，选用比较敏感的抗生素。如果是细菌性痢疾，可以采用吡哌酸、复方新诺明、庆大霉素等抗生素的药物来进行治疗。如果是血吸虫，可以选用吡喹酮进行治疗，白色念珠菌的肠炎，可以用制霉菌素进行口服。如果患者伴有全身感染，可以运用两性霉素B比进行治疗。同时，慢性肠炎如果伴有中度或者重度的脱水，需要纠正电解质以及酸碱平衡的紊乱，这种情况需要正规的补液，同时，如果患者有腹泻的症状，可以给于腹泻及止痛的治疗。
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