肛门流脓主要的原因是肛周脓肿或者肛瘘。肛周脓肿分为直肠粘膜下的脓肿，肛门周围的脓肿，肛旁脓肿和坐骨直肠间隙的脓肿以及耻骨直肠间隙的脓肿。其中肛旁脓肿与肛门直肠周围的脓肿可以在肛门的局部看到红肿热痛的包块，当脓腔破溃以后就会出现肛门流脓。如果是从肛门内部流脓出来，就有可能考虑是直肠间隙的脓肿或者直肠粘膜下的脓肿，脓腔破裂出现流脓。另外肛瘘在脓肿复发的时候或者静止期，挤压瘘管以后也会出现肛门流脓。
