扁桃体长在口咽部，咽腔是一个门户，有类似把门的作用，咽腔是呼吸道、消化道共用的一个通道，位于呼吸道、消化道最上端，同时有相应的生理功能。咽腔有很多淋巴器官，其中扁桃体是最大的一对淋巴器官，长在咽腔的两侧扁桃体窝里，是一对扁卵圆形的实质器官，它的主要生理功能是防御保护的功能。
扁桃体中间的实质部分是淋巴滤泡，对人体的免疫功能起很大作用，可分泌淋巴细胞和免疫球蛋白，对人体的抗炎、抵抗肿瘤有一定作用。长扁桃体在口咽腔的最上端，起到门卫一样的保护功能。
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