预防脑感染也就是预防颅内感染，如果是正常人，可以接种流脑疫苗、乙脑疫苗。如果患者需要做开颅的手术，手术的术前准备、术中严格的执行无菌操作以及术后使用无菌的引流袋，正确无菌的操作是至关重要的。还有在术前要给患者使用抗生素预防感染。
术后也应该使用抗生素，预防脑感染。脑感染发生主要是因为各种病原菌，导致患者的大脑组织被侵袭，多由于细菌、病毒、寄生虫、支原体、衣原体、霉菌、立克次体等病原菌随着血液循环经过血脑屏障，侵入到中枢神经系统，会产生一系列的症状。在临床上脑感染主要包括脑炎和脑膜炎。
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