绝大多数婴儿感染乙肝没有任何症状，因为婴儿感染乙肝都是母亲传染给孩子。婴儿免疫系统有缺陷或因相关的免疫耐受，所以乙肝病毒感染婴儿后，不会出现明显肝损害的表现。婴儿这时所表现的状态为免疫耐受，不会出现免疫系统清除被乙肝病毒感染的肝细胞，所以没有肝损害的表现。
如果成长为青少年或成人，某一时刻可能进入免疫清除，才会出现肝细胞损伤，有相应的临床症状。但有些婴儿感染乙肝病毒后，也可能出现婴儿肝炎综合征，这是在乙肝疫苗普遍注射前能够见到的现象。婴儿肝炎综合征如果比较严重，很可能影响婴儿生命。
